L'action de Jumpgate Evolution prend place dans l'espace, plus d'une centaine d'années après la fin d'un conflit entre l'humanité et une race extra-terrestre, le conflux. Au sortir de ce combat gagné on ne sait comment par notre espèce, un évènement majeur s'est produit : The Shift (le déplacement).

Un partie de la galaxie a subitement changé de place, éparpillant l'humanité à travers des distances incommensurables. Personne ne sait ce qui a provoqué un tel mouvement, peut-être la technologie des Amananths, une race alien à présent disparu.

Depuis trente ans, les nouvelles colonies issue des populations déplacées renouent petit à petit avec les peuples laissés derrière grace à une technologie de Jumpgate (portail spatiaux) développée par TRI Corporation. Et plus les hommes explorent, plus ils découvrent de nouvelles menaces...

Le retour des conflux ? Ou autre chose de plus formidable ?